Il flauto magico fu un lavoro interamente e consapevolmente di collaborazione.

Il flauto magico deriva da molte fonti. La più antica e più fondamentale fu una novella intitolata Sethos: Histoiere ou vie tiré des monuments, anecdotes de l'ancien Egypte, pubblicata nel 1731 e presto tradotta in tedesco ed in inglese, che pretendeva essere l'opera di un greco antico, ma il cui vero autore, l'abate Jean Terrasson, non rimase a lungo ignoto. Sethos tratta delle cerimonie di iniziazione e dei misteri dell'antico Egitto. Le sue idee, compresa quella del sole quale simbolo della religione illuminista e le caverne sotterranee quali simboli degli oscuri sentieri della vita, furono prontamente accettate dalla massoneria del XVIII sec.; come pure la concezione della scienza (particolarmente lo studio dei metalli e della medicina) quale libera manifestazione. Non tutti questi punti sono pertinenti al Flauto magico, naturalmente; ma lo sono ai sistemi di studio ed alla concezione del mondo accettate dall'opera: essenzialmente la filosofia della massoneria dell'Europa centrale.
Mozart era massone dal 1784; e lo era anche Schikaneder (così pure, fra l'altro, Giesecke). Sembra evidente che Il flauto magico fu specificatamente progettato come opera massonica, con l'allusione ai riti massonici. Il più palese tra questi simboli sono i tre accordi, tre volte ripetuti, che aprono l'opera che rincorrono, un po' modificati, nelle scene
rituali del secondo atto. Il numero tre ha uno speciale significato massonico: per questo le tre damigelle, i tre geni, e (nel cast originario) i tre schiavi e i tre sacerdoti; o ancora i tre templi e i tre bemolle nell'armatura in chiave di mi bemolle maggiore, la tonalità nella quale l'opera è ambientata (come molta altra musica con significati massonici).
Questi sono soltanto i punti più ovvi; esegeti dell'opera parlano del significato simbolico, per esempio, del serpente nella scena iniziale, del lucchetto con il quale le damigelle chiudono la bocca ciarliera di Papageno, del ritratto di Pamina con cui la Regina della Notte desta l'amore di Tamino per lei, del flauto magico e del magico carrilon: tutti ciò, oltre ai simboli fondamentali di maschio e femmina, fuoco ed acqua, buio (notte) e sole e luce (giorno). Ma Il flauto magico non era un'opera mistica, recondita, scritta per una ristretta cerchia di iniziati. Era scritta per piacere ad un pubblico il più vasto possibile, attingeva alle tradizioni del teatro popolare viennese, specialmente nelle scene per Papageno, con il loro tipo di amore semplice ed un po' buffonesco. Ed alcuni particolari della trama si ritrovano anche in brani di data anteriore che Schikaneder avrà senz'altro conosciuto.
Strettamente legata a questa tradizione era quella della Zauberoper, o "opera magica". Quando Schikaneder aveva aperto il teatro nel 1789, l'aveva fatto con un'opera intitolata Oberon (con lo stesso intreccio che Weber avrebbe successivamente usato per la sua opera omonima); il libretto, al quale collaborò anche Giesecke, deriva da un racconto di
Wieland, desunto a sua volta da un'antologia di favole orientali intitolata Dschinnistan e pubblicata verso la fine degli anni '80. La musica era di Paul Wranitzky. Benedikt Schack, il Tamino di Mozart, fu il principale compositore di un'altra opera, Der Stein der Weisen (La pietra dei saggi), rappresentata nel 1790 e tratta da Dschinnistan.
Una delle storie contenute in Dschinnistan si intitolava Lulu, oder Die Zauberflote (Lulu, ovvero il flauto magico). Nella versione di Liebeskind, essa racconta di un principe, Lulu, che una buona fata manda a liberare sua figlia Sidi, prigioniera di un mago cattivo, Dilsengbuin, ed allo scopo viene provvisto di un flauto magico. Dopo varie peripezie, compresa una scena in cui egli suonava il flauto e gli animali del bosco danzavano, compreso naturalmente lo sbocciare dall'amore tra Lulu e Sidi, egli riesce nel suo intento.
È facile vedere come Schikaneder abbia trasportato l'inizio di questa favola nel suo Flauto magico: la Regina manda Tamino a liberare Pamina dalla prigionia di Sarastro. Essendo chiaro, prima ancora della fine del primo atto, che le cose sono ben più complicate - che la Regina cioè è perfida ed intrigante, e che Sarastro è una potenza verso la saggezza, molti esegeti sono stati indotti a credere che Mozart e Schikaneder cambiarono le loro idee quando l'opera era già parzialmente scritta. Quale conferma a tale ipotesi viene citato il fatto che, avendo Mozart visto durante l'estate nel rivale Teatro di Leopoldstadt un Singspiel intitolato Die Zauberzither, oder Kasparder der fagottist (La cetra magica, ovvero Kaspar il fagottista, di Wenzel Muller), che aveva una trama simile, sia lui che Schikaneder non volevano essere accusati di plagio. Certamente, poi, nel Flauto magico vi sono talvolta incongruenze (almeno superficialmente), come per esempio il fatto che Sarastro tenga al suo servizio un uomo così malvagio come Monostato, e che i poteri magici della Regina vengano usati per fini contrari alla sua volontà. Ma di fatto non c'è ragione di credere che sia avvenuto un tale rimaneggiamento. È chiaro fin dall'inizio, se si comprende la simbolistica dell'opera, che la Regina della Notte è una figura delle tenebre e che i motivi delle sue damigelle non sono tra i più puri; e con una più approfondita conoscenza dell'opera, in termini di tradizione teatrale e specialmente in termini di significato simbolico e massonico, le apparenti incongruenze scompaiono. E se l'opera viene vista nel senso più lato, come un'allegoria sulla natura umana, le apparenti contraddizioni sono rappresentative per la diversità delle forze racchiuse in ognuno di noi. Fin dove, ci si può domandare,
Mozart e Schikaneder intendevano Il flauto magico in tali termini? Forse dobbiamo prestare loro maggior fede di quanto talvolta sia permesso, poiché essi ed altri nella cerchia in cui essi agivano - scienziati, intellettuali, gente di spirito liberale - avevano grande interesse per gli antichi misteri, per la cosmologia, per i sistemi di studio del loro tempo: e il testo del Flauto magico e così pieno di allusioni a tali materie e di simboli ad esse associati, che è assurdo immaginare che essi vi si trovino per caso. L'opera intendeva divertire; ma aveva anche un profondo scopo morale, quello cioè di migliorare, di ispirare, di illuminarci con la luce Sarastro. È probabile che proprio questo sia la "silenziosa approvazione" che Mozart poneva sopra ogni cosa.
Il flauto magico deriva da molte fonti. La più antica e più fondamentale fu una novella intitolata Sethos: Histoiere ou vie tiré des monuments, anecdotes de l'ancien Egypte, pubblicata nel 1731 e presto tradotta in tedesco ed in inglese, che pretendeva essere l'opera di un greco antico, ma il cui vero autore, l'abate Jean Terrasson, non rimase a lungo ignoto. Sethos tratta delle cerimonie di iniziazione e dei misteri dell'antico Egitto. Le sue idee, compresa quella del sole quale simbolo della religione illuminista e le caverne sotterranee quali simboli degli oscuri sentieri della vita, furono prontamente accettate dalla massoneria del XVIII sec.; come pure la concezione della scienza (particolarmente lo studio dei metalli e della medicina) quale libera manifestazione. Non tutti questi punti sono pertinenti al Flauto magico, naturalmente; ma lo sono ai sistemi di studio ed alla concezione del mondo accettate dall'opera: essenzialmente la filosofia della massoneria dell'Europa centrale.
Mozart era massone dal 1784; e lo era anche Schikaneder (così pure, fra l'altro, Giesecke). Sembra evidente che Il flauto magico fu specificatamente progettato come opera massonica, con l'allusione ai riti massonici. Il più palese tra questi simboli sono i tre accordi, tre volte ripetuti, che aprono l'opera che rincorrono, un po' modificati, nelle scene
rituali del secondo atto. Il numero tre ha uno speciale significato massonico: per questo le tre damigelle, i tre geni, e (nel cast originario) i tre schiavi e i tre sacerdoti; o ancora i tre templi e i tre bemolle nell'armatura in chiave di mi bemolle maggiore, la tonalità nella quale l'opera è ambientata (come molta altra musica con significati massonici).
Questi sono soltanto i punti più ovvi; esegeti dell'opera parlano del significato simbolico, per esempio, del serpente nella scena iniziale, del lucchetto con il quale le damigelle chiudono la bocca ciarliera di Papageno, del ritratto di Pamina con cui la Regina della Notte desta l'amore di Tamino per lei, del flauto magico e del magico carrilon: tutti ciò, oltre ai simboli fondamentali di maschio e femmina, fuoco ed acqua, buio (notte) e sole e luce (giorno). Ma Il flauto magico non era un'opera mistica, recondita, scritta per una ristretta cerchia di iniziati. Era scritta per piacere ad un pubblico il più vasto possibile, attingeva alle tradizioni del teatro popolare viennese, specialmente nelle scene per Papageno, con il loro tipo di amore semplice ed un po' buffonesco. Ed alcuni particolari della trama si ritrovano anche in brani di data anteriore che Schikaneder avrà senz'altro conosciuto.
Strettamente legata a questa tradizione era quella della Zauberoper, o "opera magica". Quando Schikaneder aveva aperto il teatro nel 1789, l'aveva fatto con un'opera intitolata Oberon (con lo stesso intreccio che Weber avrebbe successivamente usato per la sua opera omonima); il libretto, al quale collaborò anche Giesecke, deriva da un racconto di
Wieland, desunto a sua volta da un'antologia di favole orientali intitolata Dschinnistan e pubblicata verso la fine degli anni '80. La musica era di Paul Wranitzky. Benedikt Schack, il Tamino di Mozart, fu il principale compositore di un'altra opera, Der Stein der Weisen (La pietra dei saggi), rappresentata nel 1790 e tratta da Dschinnistan.
Una delle storie contenute in Dschinnistan si intitolava Lulu, oder Die Zauberflote (Lulu, ovvero il flauto magico). Nella versione di Liebeskind, essa racconta di un principe, Lulu, che una buona fata manda a liberare sua figlia Sidi, prigioniera di un mago cattivo, Dilsengbuin, ed allo scopo viene provvisto di un flauto magico. Dopo varie peripezie, compresa una scena in cui egli suonava il flauto e gli animali del bosco danzavano, compreso naturalmente lo sbocciare dall'amore tra Lulu e Sidi, egli riesce nel suo intento.
È facile vedere come Schikaneder abbia trasportato l'inizio di questa favola nel suo Flauto magico: la Regina manda Tamino a liberare Pamina dalla prigionia di Sarastro. Essendo chiaro, prima ancora della fine del primo atto, che le cose sono ben più complicate - che la Regina cioè è perfida ed intrigante, e che Sarastro è una potenza verso la saggezza, molti esegeti sono stati indotti a credere che Mozart e Schikaneder cambiarono le loro idee quando l'opera era già parzialmente scritta. Quale conferma a tale ipotesi viene citato il fatto che, avendo Mozart visto durante l'estate nel rivale Teatro di Leopoldstadt un Singspiel intitolato Die Zauberzither, oder Kasparder der fagottist (La cetra magica, ovvero Kaspar il fagottista, di Wenzel Muller), che aveva una trama simile, sia lui che Schikaneder non volevano essere accusati di plagio. Certamente, poi, nel Flauto magico vi sono talvolta incongruenze (almeno superficialmente), come per esempio il fatto che Sarastro tenga al suo servizio un uomo così malvagio come Monostato, e che i poteri magici della Regina vengano usati per fini contrari alla sua volontà. Ma di fatto non c'è ragione di credere che sia avvenuto un tale rimaneggiamento. È chiaro fin dall'inizio, se si comprende la simbolistica dell'opera, che la Regina della Notte è una figura delle tenebre e che i motivi delle sue damigelle non sono tra i più puri; e con una più approfondita conoscenza dell'opera, in termini di tradizione teatrale e specialmente in termini di significato simbolico e massonico, le apparenti incongruenze scompaiono. E se l'opera viene vista nel senso più lato, come un'allegoria sulla natura umana, le apparenti contraddizioni sono rappresentative per la diversità delle forze racchiuse in ognuno di noi. Fin dove, ci si può domandare,
Mozart e Schikaneder intendevano Il flauto magico in tali termini? Forse dobbiamo prestare loro maggior fede di quanto talvolta sia permesso, poiché essi ed altri nella cerchia in cui essi agivano - scienziati, intellettuali, gente di spirito liberale - avevano grande interesse per gli antichi misteri, per la cosmologia, per i sistemi di studio del loro tempo: e il testo del Flauto magico e così pieno di allusioni a tali materie e di simboli ad esse associati, che è assurdo immaginare che essi vi si trovino per caso. L'opera intendeva divertire; ma aveva anche un profondo scopo morale, quello cioè di migliorare, di ispirare, di illuminarci con la luce Sarastro. È probabile che proprio questo sia la "silenziosa approvazione" che Mozart poneva sopra ogni cosa.